Kamień węgielny pod budowę Szpitala został położony 12 października 1929 r. Budowa szpitala finansowana była ze składek Skarbu Państwa i składek Powiatowych Związków Komunalnych.
29 maja 1930 r. podczas objazdu województwa warszawskiego budowany szpital w Gostyninie odwiedził Prezydent Rzeczypospolitej prof. Ignacy Mościcki. Prezydent własnoręcznym podpisem zapoczątkował księgę pamiątkową Zakładu. W pierwszym etapie planowano oddanie pięciu budynków - dwa pawilony dla pacjentów, budynek administracyjny, kuchnię i pralnię. Lata kryzysu zahamowały prace wykończeniowe, a także dalszą budowę.

Dopiero w roku 1933 pokonano trudności i zdołano wykończyć jeden budynek oraz uruchomić szpital. Dyrektorem szpitala został dr n. med. Eugeniusz Wilczkowski. W kwietniu 1935 r. stan pacjentów wynosił już 240 osób. W lutym 1934 r. szpital wypisał pierwszego wyleczonego pacjenta.

W latach 1933 - 1935 oddano dwa dodatkowe budynki, uporządkowano teren, zorganizowano oborę i chlewnię, jak też rzeźnię dla własnych potrzeb. Założono również sad owocowy i ukończono budynki gospodarstwa rolnego oraz pracownię analityczną, gabinet fizykoterapii i pracownię psychologiczną. Szpital już wtedy korzystał z własnej studni głębinowej oraz energii elektrycznej, którą otrzymywał z Płocka. Funkcjonowała szpitalna kanalizacja, szwalnia, warsztat krawiecki, szewski. Zaplecze szpitala działało w oparciu o pracę pacjentów pokrywających w ten sposób koszty leczenia.

W pierwszych dniach września 1939 r. szpital przyjął uciekinierów z zachodniej Polski. Zorganizowano bezpłatne wydawanie posiłków, pomoc lekarską
i noclegi. W lutym 1940 r. gestapo wywiozło pierwszych 10 pacjentów. W marcu 1940 r. Niemcy przejęli zarząd nad szpitalem. Jednocześnie cały czas trwała akcja zabierania pacjentów przez gestapo. W dniach od 10 do 12 czerwca 1941 r. wywieziono 70 pacjentów Zakładu w Gostyninie. Zostali oni przewiezieni pod opieką pielęgniarzy do Zakładu dla Ubogich w Śremie i stąd razem z 56 pensjonariuszami tego zakładu zostali wywiezieni do lasu w okolicy Mosiny i tam zamordowani.

Na terenie Szpitala w czasie II wojny światowej istniała organizacja AK zajmująca się głównie gromadzeniem broni i kolportowaniem gazetek z wydawnictw podziemnych. W miesiącach marcu i maju 1942 r. gestapo z Płocka aresztowało 19 pracowników szpitala podejrzanych o przynależność do AK.
Po kilku tygodniach zwolniono 5 osób. Pozostałe osoby przewieziono do obozu gestapo w Inowrocłwiu, gdzie skazano ich na karę śmierci. Wyrok wykonano w więzieniu w Rawiczu. Ocalało i powróciło do swoich domów siedem osób, w tym dyrektor szpitala Eugeniusz Wilczkowski.

Do końca września 1998 r. Szpital dla Nerwowo i Psychicznie Chorych w Gostyninie był jednostką budżetową. Od października 1998 r. w wyniku przeprowadzonej przez rząd reformy służby zdrowia zakład przeszedł na samodzielność.

W 2000 r. w związku z wyodrębnieniem się z całości szpitala Zakładu Opiekuńczo - Leczniczego szpital zmienił nazwę na Wojewódzki Samodzielny Zespół Publicznych Zakładów Opieki Zdrowotnej im. Profesora Eugeniusza Wilczkowskiego w Gostyninie