Struktura organizacyjna Wojewódzkiego Samodzielnego Zespołu Publicznych Zakładów Opieki Zdrowotnej im. prof. Eugeniusza Wilczkowskiego w Gostyninie została określona w Statucie Zespołu. Jednostki organizacyjne składają się z komórek organizacyjnych. W Zespole funkcjonują komórki organizacyjne działalności niemedycznej oraz samodzielne stanowiska pracy.

Struktura organizacyjna została określona w załączniku do Statutu. Szczegółową organizację oraz zadania poszczególnych komórek organizacyjnych określa Regulamin porządkowy określający organizację i porządek procesu udzielania świadczeń zdrowotnych w Wojewódzkim Samodzielnym Zespole Publicznych Zakładów Opieki Zdrowotnej im. prof. Eugeniusza Wilczkowskiego w Gostyninie.